1939年5月，六团挥师东进，越过宁（南京）沪（上海）线进入宁沪铁路两侧长江三角地带的东路地区，与江阴、无锡的抗日武装合编为江南抗日义勇军。6月，夜袭江苏浒墅关车站，歼敌30多人，炸毁铁路桥，迫使宁沪铁路三天不能通车。随后乘胜向东发展，进入常熟境内，建立了以阳澄湖东塘寺为中心的苏（州）常（熟）太（仓）和澄（江阴）锡（无锡）虞（常熟）抗日根据地。六团在这里神出鬼没，纵横驰骋，袭据点，反扫荡，打得日伪魂飞魄散。黄土塘一仗歼敌百余人后进逼上海近郊，在青浦附近击溃数百名日伪军的“扫荡”，又乘胜追击，火烧上海虹桥机场，烧毁敌机4架。六团声威大振，上海各大报纸均做了报道，在国际上引起很大反响。以后六团撤离东路地区，留下一批伤病员在阳澄湖坚持斗争，又组织了一支新的“江抗”，发展成拥有6个支队的抗日武装。《芦荡火种》《沙家浜》等影剧反映的就是这一段史实。

1939年底，六团执行发展苏北的任务，奉命北渡长江，编为新四军挺进纵队第1团，与兄弟部队一起打退了国民党的反共高潮，奠定了站稳苏北脚跟的基础。此后，六团参加了一系列反顽战斗，连战皆捷，取得江都吴家桥战斗、郭村保卫战和黄桥决战等重大胜利，打开了苏北地区抗战的局面。电影《东进序曲》就是根据郭村保卫战的素材编拍的。

1941年，六团参加了新四军东进以来的第一次反“扫荡”。4月，围歼姚家岱之敌日寇一个中队和200余名伪军，击毙日军泰兴城防司令以下30余人，全歼伪军，生俘日寇3名。11月，六团在姚家湾附近歼灭伪军300余人，毙日寇89人，伤日军大队长加藤等。同年底，日伪军合击盐城新四军军部，六团所在的一师一旅两个团采取“围魏救赵”之计，一举攻破古溪敌据点，全歼伪军1个团后又直取日军老巢泰兴城，迫敌撤军回救，解了盐城之围。接着，奔袭攻克黄桥与泰兴之间的敌据点，歼灭日军1个小队，迫敌南浦旅团从盐阜地区南撤，粉碎了日伪的“扫荡”。 1942年4月中旬，又攻占如皋城南白蒲镇，烧毁日军经济侵略的大本营———江北公司。7月初，进攻如黄公路上的敌伪据点，毙伤俘敌120余人，攻克芦港。1943年，部队实行主力地方化，六团全体将士与兄弟部队一起参加了“反清乡”、反“扫荡”斗争。1944年3月，六团参加车桥战役，担负打援任务，在芦家滩血刃日寇，歼敌600余人。

抗日战争胜利后，六团又南征北战，先后参加了泰安、宿北、鲁南、莱芜、孟良崮、豫东、渡江等战役，直到解放上海后又南下解放闽浙赣地区。在莱芜战役中，该团一连荣获“人民功臣第一连”称号。

闽东人民的优秀子弟兵为中华民族的独立和全国人民的解放事业做出了重大贡献。