面对国民党顽固派不断升级的反共摩擦，闽东特委坚持“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”的原则，与国民党当局既联合又斗争，以斗争求团结。从1939年底开始先后组建了闽东主力游击队，闽东游击纵队、宁德县游击队、古田人民游击队以及沿海地区的抗日游击队等10余支抗日反顽游击武装，还发展壮大了特委机关教导队。闽东党组织依靠这些游击武装力量作为坚持团结抗战，反对分裂投降的重要基础，同日顽展开了英勇的斗争。

1940年，中共宁德县委发表《为应付闽东屡次摩擦事件沉痛告各界民众书》，揭露顽固派制造反共流血事件的种种罪行，指出顽固派的反共、分裂行径是当前抗战中的最大危险，为了制止摩擦事件的继续发生，克服投降危险，争取时局好转，巩固国共合作，共同抗日，闽东抗日民主力量唯有站在自卫立场，以牙还牙，坚决实行武装反击。

在自卫反顽斗争中，闽东特委和抗日游击武装注意利用顽固派的内部矛盾，各个击破，坚决打击极少数罪大恶极者。8月，闽东游击纵队以小部武装对宁德第三区署采取强硬手段，给汉奸区长以严厉惩处。不久，又捕杀给顽固派通风报信，制造横坑事件的周墩碧岩反动保长。同时，向各界严正声明：抗日武装采取这种自卫反击政策，完全是为了坚持抗日，为了保护抗日统一战线。只要国民党有关人员能从此改过自新、爱国爱民，坚持团结抗战，将既往不咎，继续与之合作。如若不然，将采取“更厉害的手段，坚决不放松”。这种有理、有利、有节的斗争，孤立打击了顽固势力，争取团结了坚持抗日的进步力量。

为了加强对闽东抗日反顽斗争的领导，福建省委先后派左丰美、王一平、张翼、黄扆禹、刘捷生等到闽东，重建中共闽东特委，张翼任书记。1943年后，党的领导机关及部分武装转移到古田、屏南、宁德等边界地区活动，遵循中共中央的指示，认真贯彻执行“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的方针，把合法斗争与隐蔽的武装斗争相结合，坚持抗日反顽斗争，击退了顽固派一次次反共逆流，保存和发展了抗日民主力量，终于与全国人民一道迎来抗日战争的最后胜利。